Το 1994 ο «αυτοδημιούργητος» επιχειρηματίας από την Κρήτη, Θόδωρος Βασιλάκης αγοράζει τη μικρή εταιρεία αεροταξί Aegean Aviation, η οποία είχε ιδρυθεί το 1987 από τα αδέρφια Αντώνιος και Νικόλαος Σιμιγδαλάς και το 1992 γίνεται η πρώτη ιδιωτική εταιρεία αερομεταφορών και τη μετατρέπει σε Business Aviation με Learjet αεροσκάφη.
Τον Μάρτιο του 1999 δημιουργείται η Aegean Airlines. Δύο μήνες αργότερα, τον Μάιο, εκτελούνται οι πρώτες πτήσεις από την Αθήνα προς το Ηράκλειο και τη Θεσσαλονίκη με τα δύο καινούργια αεροσκάφη τύπου JET AVRO RJ100 ενώ τον Ιούνιο δυο νέοι προορισμοί (Ρόδος, Χανιά) προστίθενται στο δίκτυό της. Τον Οκτώβριο η εταιρεία αποκτά το τρίτο RJ και η Aegean μεγαλώνει και πετά σε δυο νέους προορισμούς Αλεξανδρούπολη και Κέρκυρα. Στο τέλος του ίδιου χρόνου εξαγοράζει την Air Greece, παραλαμβάνει ακόμη ένα αεροσκάφος RJ και 3 ATR 72 και ξεκινά πτήσεις προς Μυτιλήνη.
Τον Μάιο του 2000 ο 11ος προορισμός της είναι η Σαντορίνη. Από τον Ιούλιο του 2000 ο στόλος της αποτελείται από 6 RJ (συν 3 ΑΤR) με τα οποία πετά σε 11 προορισμούς σε όλη τη χώρα με περισσότερες από 80 πτήσεις καθημερινά.
Ανοίγει τα φτερά της στο εξωτερικό τον Απρίλιο του 2001, έχοντας ενώσει τις δυνάμεις της με την Cronus Airlines εξυπηρετώντας εκτός από τους 11 προορισμούς στην Ελλάδα και 7 στο εξωτερικό . Τον Νοέμβριο του 2001 εγκαινιάζει την παροχή της υπηρεσίας Business Class και στις πτήσεις εξωτερικού.
Τον Οκτώβριο του 2003 αποτελεί την πρώτη ελληνική αεροπορική εταιρεία που παρέχει τη δυνατότητα έκδοσης ηλεκτρονικού εισιτηρίου. Τον Μάιο του 2004 ξεκινά τακτικές πτήσεις στην Κύπρο με νέο προορισμό τη Λάρνακα.
Τον Νοέμβριο του 2005 ξεκινά πτήσεις κοινού κωδικού με τη Lufthansa. Τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου παραγγέλνει τα 8 πρώτα Α320 της Airbus. Στις αρχές του 2008 η παραγγελία της εταιρείας προς την Airbus περιλαμβάνει 27 Α320 και 321. Προχωρά σε συμφωνία για την εξαγορά της Olympic Air τον Φεβρουάριο του 2010, ενώ τον Ιούνιο του ίδιου χρόνου γίνεται μέλος της Star Alliance. Τον Οκτώβριο του 2013, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανταγωνισμού εγκρίνει την εξαγορά της Olympic Air από την Aegean, η οποία ολοκληρώνεται λίγες ημέρες αργότερα.
Τον Απρίλιο του 2018 ανακοινώνει την αγορά του αιώνα. Προχωρά στην παραγγελία έως και 42 αεροσκαφών από την γαλλογερμανική Airbus.
Το ύψος της επένδυσης που ανέρχεται σε περίπου 5 δισ. δολάρια και δεν θα χρηματοδοτηθεί από τις τράπεζες, σηματοδοτεί την είσοδο της εταιρείας σε μια νέα εποχή. To 2017 ο στόλος της AEGEAN αριθμούσε 46 jet αεροσκάφη της οικογένειας A320, καθώς και 12 turboprop αεροσκάφη.
Την χρονιά που μας πέρασε η εταιρεία μετέφερε 13,2 εκατομμύρια επιβάτες, 6% περισσότερους από το 2016. Για το 2018, η ΑΕGEAN δραστηριοποιείται σε ένα δίκτυο 153 προορισμών, 31 εσωτερικού και 122 εξωτερικού σε 44 χώρες, με 16.600.000 διαθέσιμες θέσεις, ενισχυμένες κατά 700.000 θέσεις σε σχέση με το 2017. Mέσα στο 2017, αναδείχθηκε η «Καλύτερη Περιφερειακή Αεροπορική Εταιρεία στην Ευρώπη» σε έρευνα που έγινε σε περισσότερους από 19,9 εκατ. επιβάτες από τα Skytrax World Airline Awards. Το βραβείο αυτό της απονέμεται για 7η συνεχή φορά και 8η συνολικά από το 2009 έως σήμερα – αποτελεί ακόμη μια απόδειξη της υψηλής ποιότητας υπηρεσιών που παρέχει στους επιβάτες.
